Anfang Januar 2006 war Freddy Fender im Krankenhaus, um sich Teile des oberen linken Lungenflügels wegen Pilzbefalls entfernen zu lassen. Dabei entdeckten die ärzte zwei Tumore und stellten die Operation zurück.
Ende Januar 2006 unterzog sich Freddy Fender dann einer Chemotherapie, unterbrach diese aber wegen der Nebenwirkungen. Bei einer späteren Untersuchung fanden die ärzte neun weitere Tumore.
Zurzeit ist er in seinem Haus in Corpus Christi, Texas, und nimmt Medikamente, die die Schmerzen lindern den Krebs aber nicht heilen können. In einem Interview mit der Corpus Christi Caller-Times sagte Freddy Fender: "Nur noch ein Jahr, dann werde ich 70 und ich hatte ein gutes leben. Ich glaube wirklich, dass ich OK bin. In meinem Kopf und in meinem Herzen fühle ich es. Ich kann mich nicht beschweren, dass mein Leben zu kurz war, aber ich würde gerne noch etwas länger Leben"
2002 bekam Freddy Fender von seiner Tochter eine Niere und 2004 musste er sich einer Lebertransplantation unterziehen. Er hat Diabetes und Hepatitis C.
Nun hat er alle Konzerte abgesagt und setzt die Chemotherapie mit einer geringeren Dosis fort.
Seine größten Hits waren "Before the Next Teardrop Falls", "Wasted Days and Wasted Nights", "Secret Love" und "Living It Down". Kinogängern ist er bekannt aus dem Oscar-Preisgekrönten Film "Milagro - Der Krieg im Bohnenfeld", von Robert Redford.
